不过，爪哇行省那边，距离实在太远。大元朝廷发生的事情，等传到他们那里，早不知道变成什么情况了。
元昭宗刚即位这一次，就是差不多的情况。当时，元军发动反击，主动拦截北进的明军。元军主力在在三不剌川与燕山六卫明军交战，明军败退，在五郎口遭到元军合围。明军三万人全军覆没，都督孙兴祖、燕山右卫指挥平定、大兴左卫指挥庞禋等人战死。同时，元太尉买驴在落马河设伏，击败海宁卫明军，指挥副使孙虎战死。
燕山诸卫是朱元璋亲自布置的北方防线中的重要一环，专门调集军士镇守。孙兴祖也是朱元璋的凤阳老乡，从起兵的时候，就跟着他了，是明军里的老资格将领。北伐期间，他在徐达麾下作战，徐达很看好他。当时大军准备西征，而王保保驻军居庸，觊觎北平，大家都比较在意。徐达对诸将说：“北平有孙兴祖，不用担心。”于是率大军直捣太原。现在连他都翻车了，明军在北方的战略部署，也有遭受元军的威胁风险。
元朝方面自然很高兴。借助这次胜利，元军成功控制了燕山山脉的各处要塞，甚至有了收复大都的试探动作。元廷也赶紧派人，把消息通知所有还奉大元为正朔的势力，给大家打打气，告诉大家只要坚定守住，就还有机会。
随即，元廷也开始调兵遣将，试图扩大战果。
这个时候，虽然以漠南、辽东的军队为骨干，但元廷驻扎的地方不在核心区域的上都开平，而是借住在更东北的应昌。这个地方本来是弘吉剌部的地盘，弘吉剌部的首领鲁王，王府就在城里，因此也被称为“鲁王城”。至于元朝自己直属的上都，这会儿都已经被打烂了……
虽然上都才是当年金莲川幕府所在，是忽必烈的起家之地，但元朝中期以来，上都屡遭兵燹，已经残破不堪了。两都之战的时候，上都一方战败，因此，原本以上都为根据地的传统蒙古、色目人势力，也遭到沉重打击。
从忽必烈时代开始，色目人中的回回人，就得到了重用，乃至刻意引入他们，和规模庞大的汉人士大夫抗衡。在财税领域，回回人的地位非常重要，不断有回回，以及擅长“回回算术”的汉人学徒，因为通晓数学，懂得理财之术，而得到提拔。
而到元朝中期，皇位传承开始频繁出问题，朝廷也愈发不稳，各派势力都在紧急站队。
天兄纪年1320年，18岁的元英宗硕德八剌继位。有感于朝廷的腐化低效，和蒙古色目贵族的贪婪短视，他开始尝试进行改革。不过当时，他头上还有太皇太后答己、权臣铁木迭儿压着，有心也无力做什么。
但是，继位次年，铁木迭儿和答己就先后病死。权柄一下全部落入元英宗手中。他立刻任命自己的发小、木华黎的五世孙拜住为右丞相，开始推行新政，裁剪冗官。
木华黎家族受汉文化影响颇深，拜住也从小学习汉文化，因此上台之后立刻提拔了一大群汉人文士，并且组织这些人制定新法，改革之前的税制，试图给农民减轻负担。但是这样一来，不仅蒙古王公开始不满，一直在财税领域地位重要的回回人，也开始厌恶他们。
这些蒙古、色目人，以铁木迭儿的义子铁失为首，决心发动政变，除掉皇帝和拜住，拥立当时在漠北镇守的晋王也孙铁木儿。元朝皇帝每年夏天会离开大都，去上都避暑，秋天再回来。于是，趁着元英宗返回路上，疏于戒备，铁失派遣使者给晋王通气，然后借助心腹掌握了号称精锐的阿速卫。一行人来到距上都30里的南坡店时，铁失率领阿速卫兵，带人先杀拜住，然后亲手在卧床上杀死元英宗。史称“南坡之变”。
事后，晋王也孙铁木儿紧急返回大都，继承皇位，称为泰定帝。但是，他却没有按照政变一方的设想去行动，反而宣称元英宗的政策，合乎世祖忽必烈的制度，把大部分内容保留了下来。元英宗召集的汉人大臣，也有很多未受波及。
说白了，泰定帝也明白，大元这个情况，不改是不行的。元英宗之所以翻车，是因为他年轻气盛，行事过于激进；而他的辅佐者拜住，其实也就24岁。而且这俩年轻人出身都很高，空有一番心思，实际上却不接地气。
当然，宫中养出来的年轻人，也不一定就都不行。汉武帝早年，不也是一幅纨绔的样子。但他那个能力，也是可遇不可求的。元英宗君臣显然就没有对应的手腕。他们提拔的汉人文士，也帮不上什么忙，因此才失败身死。
不过话又说回来，改革失败，这不代表他们的方向就是错的。相反，既然人家已经用命换来了一些新政策，那当然还是接下来比较好。毕竟泰定帝和元英宗的最大矛盾，只是谁来当皇帝，而不是具体的政策。他和守旧派蒙古、回回贵族勾结，也只是为了皇位，不代表就喜欢他们。因此，泰定帝一上台，反而转头就指责铁失等人谋逆，打着给元英宗复仇的旗号，把他们尽数诛杀。
但尽管如此，还是有很多老臣对他不满。泰定帝入主之后，把晋王府的大臣都带了过来，之前武宗、仁宗时代的老臣因此日益边缘化。于是，这些人开始联络手握兵权的同佥枢密院事燕帖木儿等人，并且很快得到了对方的支持。
1328年春，泰定帝在柳林出猎时染疾。燕帖木儿等人立刻开始活动，计划迎回在外的武宗子孙。而泰定帝的回回丞相倒剌沙，也发现情况不对，一边试图把武宗儿子驱逐更远，一边也开始准备。
七月，泰定帝病死于上都，倒剌沙总览朝中大局。八月，燕帖木儿等十七人，公然持刀上殿，号令大众，主张立武宗之子为帝，声言“有不顺者斩”。于是，上都和大都的战争，开始到了明面上来。
在两都之战中，上都方面其实具有更大优势。他们拥有随驾的怯薛、诸卫大军，并得到辽东诸王、湘宁王八剌失里、赵王马扎儿罕以及陕西行省和行台支持，兵力颇为雄盛。大都方面则以燕帖木儿所掌左卫亲军、钦察、阿速诸卫为基础，其他人都是临时拼凑起来的，相比而言颇为捉襟见肘。
大都方面的支持者，主要是南部的河南、江西、江淮等省。在传统蒙古人视角里，还是认为这些地方的“硬实力”是不行的。当时，河南行省平章伯颜准备响应大都方面，出兵援助，行省参政脱别台就不以为然。他认为，“今蒙古军马与宿卫之士皆在上都，而令探马赤军守诸隘，吾恐此事之不可成也。我等图保性命，他何计哉？”觉得蒙古人和探马赤军都支持上都，所以那边就赢定了。