但事情的发展，却让众人大跌眼镜。
八月底，诸王失剌的军队首先逼近大都，结果被大都军击败。失剌逃走，平章乃马台被俘；九月初，梁王王禅、右丞相塔失帖木儿逼近怀来，势头凶猛。燕帖木儿于是率军主动越过居庸关，击退王禅。
三日，辽阳行省支援上都，燕帖木儿于是赶去截击；十六日，趁他不在，梁王收拢败兵，南下打破居庸关，燕帖木儿再次折返。二十六日，在白浮彻底击溃王禅部，燕帖木儿亲自斩杀七人，上都军溃散，逃出了居庸关。
燕帖木儿与王禅作战时，上都枢密竹温台攻破古北口。燕帖木儿亲率大军倍道兼行，大败上都军队，生擒驸马孛罗帖木儿。上都军被打破了胆，大批投降，残部逃出了古北口。
二十八日，辽王打败了燕帖木儿留在通州驻防的军队，占领通州。燕帖木儿与其子唐其势从古北口率师南救，在十月一日击败辽王军——就是他那个找伯颜挑事儿、说天下是自家的儿子。
五日，秃阳翟王太平、太师国王朵罗台率领军队赶来，于是和辽军合流，再次攻打燕帖木儿。双方激战到晚上，唐其势亲自陷阵，阵斩太平。其他人趁夜逃走。
十月七日，上都诸王忽剌台等攻破紫荆关，攻克涿州，从南部威胁大都。燕帖木儿赶往救援，大败上都军于卢沟桥，忽剌台逃走，不久被抓获。
十一日，东路蒙古军再次攻破古北口。燕帖木儿北上救援，在密云一带击败敌人。国王朵罗台等人被斩杀。
就这样，上都方面的各支军队，被燕帖木儿消灭殆尽。十三日，燕帖木儿率军奔赴上都，倒剌沙等人被迫奉皇帝玉玺出降，天顺帝失踪——按元朝一贯规律，生死不明，应该就是死在乱军里了。
两都之战，持续时间不是很长，但影响非常大。
晋王一系一度非常强势，在漠北影响很大。一直到北元时期，“晋王”都是个非常重量级的头衔。后来北元的“济农”头衔，就是晋王的音变。但这一战之后，大家发现，漠北军的所谓“兵强马壮”，完全是虚的。整个形势发展，比当时忽必烈击败阿里不哥，都更有戏剧性。
战后，晋王和其他辽东、漠南诸王遭到了大规模清洗。按元朝史料，“晋邸及辽王所辖路、府、州、县达鲁花赤，并罢免禁锢，选流官代之”。蒙古宗王的势力遭到了严重打击。
但这一带被流官管理之后，反而给元末积攒了力量。虽然把一大群来源非常……“多元化”的族群的官员，都给开除了元籍，但从未来的结果看，其实这些流官，不管对大元的忠诚度还是战斗力，都比蒙古贵族之流要强多了……
另一方面，就是回回人也遭到了沉重的打击。上都方面有大量高官都是回回人，在大都的政变中被燕帖木儿等人擒杀的诸多晋王系官员也是如此。很多人从忽必烈时代就开始服务于汗廷，结果因为站队失败，被连根拔起。
虽然钦察人也是色目人，但燕帖木儿也没有把这些同样西来的人当老乡看待，反而下手颇狠。这一次之后，回回高官在元朝急剧减少。
另外，作为色目人中的一大支系，回回人原本也有法律、经济等特权。元朝设有“回回掌教哈的所”，任命回回人掌教，通过他们自己的教法，管理有关的案件，等于拥有另一套法律体系。不过战败之后，燕帖木儿等人为了清算，把这些特权一并都给撤销了。
这个趋势，在元朝中后期非常明显。随着政治斗争的血腥化，和战斗烈度的增加，以算术、理财而得到地位的回回人，因为跟不上版本，从此逐渐淡出了元朝的高层。到文宗朝，朝堂上几乎已经没有回回人了。
整个两都之战，几乎就是燕帖木儿的个人秀。因此，他在战后，权力也膨胀到了哪怕在大元都前无古人的境地——当然，随之而来的，就是各种前无古人的抽象行为。他出身的钦察、阿速诸卫，也因此愈发被朝廷器重
不过，在他死后，尤其是元末的战争中，大家逐渐发现，恐怕不是钦察、阿速卫能打。这帮货其实跟蒙古人半斤八两，单纯就是燕帖木儿自己能打……
从南坡之变到元朝灭亡，一共只有48年。而要是从燕帖木儿暴死，到红巾军把阿速卫当孙子打，甚至只有十几年。这支武装，就也被证明是个水货了。
到了元昭宗准备反击的时候，反而又得去找漠南蒙古的探马赤军了——当然，这个时候，上都已经被元军、红巾军、明军，来来回回烧了好多次，比和林都惨。这会儿的探马赤军，和当年那个，也肯定完全不是一回事了……
而辽阳行省的省兵，也不再和诸王绑定了。之前的蒙古、色目高官，早就在一轮轮的内斗，以及最后红巾军“一键清零”的行动中，退出了历史舞台。这会儿辽阳最有战斗力的重兵集团，是唐国公江文清率领的军队，此时按照朝廷战略部署，驻扎在锦州，防止明军直接攻入辽东腹地。之前，这些人被常遇春一战击溃，但这会儿常遇春已经不在了，于是元军又重新聚集起来。从这点看，已经进步很大了……