前番败于北海，失地赔款，国力受损，颜面尽丧。
彼辈急欲另辟蹊径，挽回颓势，并觅资财以充国用。
台湾孤悬海外，物产丰饶，朝廷控制力相对薄弱，正是其眼中可乘之机。
此乃彼等困兽犹斗、转移国内危机之常策。”
“至于北海。”他顿了顿，“其主柳生十兵卫，枭雄之姿。
彼既已重创日本，夺其奥羽，便与日本结下深仇。
如今日本欲另辟战场，恢复元气，恰是北海所不愿见。
将消息透露于我朝，令日本图谋受阻，乃至再受挫败，正合北海之利。
换做老夫是那柳生，亦必如此行事，故此情报，可信度颇高。”
文祥接口道：“少荃（李鸿章字）所言在理。
倭人胆大妄为，竟敢藐视天朝，实属可恨！
其在北海处吃了大亏，不思悔改，反欲觊觎我疆土，真乃狼子野心，必须予以严惩，以儆效尤！”
恭亲王奕訢（六亲王）面色沉郁，叹了一口气：“文山（文祥字）兄所言自是正理。
然则……如今国家多难。
西北回乱虽平，余波未靖；新疆阿古柏之事悬而未决，左季高（左宗棠）正在筹饷用兵。
内地民生凋敝，财用匮乏。真是北疆未靖，南患又起，多事之秋啊。”
御座上的同治皇帝年轻气盛，听到日本不过出动三千余人，又想起其败于北海之事，不由生出轻视之心，朗声道：“日本撮尔小邦，先前连北海都打不过，可见其兵不强，国不富。
彼既敢犯我疆土，天朝岂能坐视？理应调集兵马，渡海征讨，一举荡平，方显上国威严！”
珠帘后的慈禧太后轻轻咳了一声，帘内传来她带着些许倦意的声音：“皇帝有志气是好的。
只是……如今朝廷哪里还有余钱可供大举兴兵渡海远征？
户部的底子，皇帝和诸位大臣不是不清楚。
西北用兵，东南海防，处处都要银子。
日本寇边，虽属可恶，然其兵不过三千，癣疥之疾耳。
为这点寇盗，便要劳师动众，耗费巨万，殊为不智。”
她停顿了一下，语气转为决断：“皇帝可遴选一二干练可靠之大臣，赋予事权，命其火速前往台湾。
一则查明确切情形，统筹台湾防务。
二则督率当地驻军及团练，务必将登陆倭寇驱逐或歼灭。
三则妥善处理善后，安抚地方，并探查日本后续动向。
如此，既不至过度耗费国帑，亦可保疆土无虞。
皇帝以为如何？”
同治皇帝听到慈禧发话，立刻收敛了之前的激昂，恭敬地应道：“皇爸爸说的是，是儿子思虑不周。
此事便依皇爸爸的意思办。”
见皇帝与太后已有定论，众臣便不再多言。
恭亲王奕訢领旨，与几位大学士稍作商议，便拟定了人选。
不久，朝廷明发上谕：著派船政大臣沈葆桢，会同原直隶提督、现予休假在籍的准军将领刘铭传，即日前往台湾。
沈葆桢统筹全局，办理交涉、后勤及善后事宜。
刘铭传负责指挥台湾现有驻军及招募勇营，相机剿办登岸日寇。
旨意中严令二人务必同心协力，速平倭患，保全海疆。
就在北京朝廷商议对策、任命大臣的同时，台湾南端的战事已然爆发。
日本远征军在西乡从道的指挥下，于琅峤一带顺利登陆。
稍作休整后，日军即向内陆进逼，首要目标直指石门要隘。
石门地势险要，是通往牡丹社等山区社番的核心通道。
当地牡丹社头人阿禄古与其子，率本社及附近亲近社番的壮丁，依托熟悉的山林地势，在石门附近设伏阻击，意图阻挡日军深入。
阿禄古父子身先士卒，率众以猎枪、弓箭、刀矛向行进中的日军队伍发起突袭。
初时，日军队列稍显混乱，但很快便展现出经过近代训练的军队的组织性。
日军士兵在军官喝令下迅速组成战斗队形进行反击，并调动随行的轻型野战炮对疑似番人聚集的林木和石垒进行轰击。
猎枪与弓箭难以对抗密集而精准的步枪火力，番勇虽悍勇，但在装备和战术上处于绝对劣势。
炮击更造成了恐慌和伤亡。激战约一个时辰后，牡丹社武装伤亡渐重，阵线开始动摇。
阿禄古父子试图集结人手发动一次反冲锋以扭转颓势，但在冲锋途中，阿禄古被数发步枪子弹击中，当场阵亡。
其子见状悲愤交加，率残余亲随奋力冲杀，亦被日军火力吞没，殁于阵前。
首领父子双双战死的消息传开，牡丹社抵抗者的士气顿时崩溃，残部溃散入深山密林。
日军乘势占领石门要地。
石门一役的结果迅速传遍台湾南部各番社。
原本许多处于观望，甚至暗中对清廷统治不满、或与牡丹社等有隙的番社，见最骁勇善战的牡丹社在日军面前败亡得如此迅速彻底，震慑之下，纷纷改变了态度。
部分社众在日军胁诱下，或提供向导，或表示顺服，以求自保，使得日军对当地地形与社情的了解大为增加。
扫清了主要障碍后，西乡从道将部队分为三路，以扫荡仍可能抵抗的区域。
一路向牡丹社本部地区推进，一路指向高士佛社，另一路则朝女奶社方向行动。
沿途虽遭遇零星袭扰和来自山林冷箭的阻击，但均未形成有组织的有效抵抗。
日军较为顺利地进入了这些社番的聚居地。
占领之后，日军并未恪守所谓“惩凶”的初始宣称。
为震慑反抗、掠夺物资以补军需，并报复先前的抵抗，日军在这些番社地区进行了残酷的扫荡。
士兵们纵火焚烧村社房屋、仓储，抢掠粮食、牲畜及任何有价值的物品，对未能及时逃入深山的番民，则多有杀伤。
一时间，多处番社浓烟滚滚，哭喊声四起。
在完成扫荡与抢掠后，日军并未长期分散驻扎于已成废墟的番社，而是携带抢夺来的物资，陆续撤回至射寮主营地。
日军一方面巩固滩头阵地，另一方面则观望清廷的反应，并等待后续可能的指令或补给。