明朝将领的这些行为，还不是一次两次，结果，自然就导致当地的情况雪上加霜了。到后面，西北方向实际上已经失去了进攻的能力，和元朝所置哈密王的战争，都算是大战了，而哈密王手里只有几百户人，全员上阵不过几千人而已。在明初，那边就荒废到这种地步。
不过，虽然河湟地区也受到了很大削弱，但隔壁山上的吐蕃人，却没有和之前一样，趁机打下来。原来，元末的时候，吐蕃那边其实也在打内战呢。
和其他地方不同，吐蕃赛区早在元朝初期就开战了。而这边的情况，还有加上教派因素。
早在元朝建立之前，蒙古势力就和高原上的萨迦派进行了联系。宗王阔端邀请了教主萨迦班智达，带着他的侄子八思巴去凉州会晤，此后双方就开始合作，把吐蕃地区并入蒙古汗国。到蒙哥时期，还派了人专门去勘察当地的人口、地界，第一次在当地确立了户籍。
忽必烈继位之后，延续这方面的政策，继续推崇八思巴，尊为国师，还让他管理乌斯藏十三个万户。把他的助手释迦桑波任命为实际管理行政事务的“本钦”，给他万户的官职。之后这些任命，就延续了下来。
不过早在那时，各个教派之间，矛盾就十分尖锐了。教派冲突，甚至可能本来就是不同地区之间的地方矛盾。但各个教派得到器重，自然让他们成为了最好的表达需求的工具。
这个问题还不止引发了元朝内部的冲突。至元十八年，由于萨迦派干预止贡派内务，两派产生纠纷，并不断升级。见到萨迦派有元军撑腰，止贡派干脆直接引来伊儿汗国军队，主动攻打萨迦派。不过元军此时还比较强，成功击退了伊儿汗国，还攻破了止贡万户，史称“止贡之变”。
除此之外，至元二十年，必里公万户与萨斯迦派的矛盾也爆发了，并且也同样在不断升级激化。必里公也意识到需要外援，派找到了察合台汗国的汗王笃哇。笃哇此时也在率领蒙古人反元，知道之后非常乐意。于是他们也加入了进来，导致整个高原打成了一锅粥……
到元末的时候也差不多。明朝在河潢地区搞抽象的时候，反而没有和唐朝那样，遭到高原方面的压力。原因就是，吐蕃那边自己也在打内战。以至于“山后部落诸酋自相雄长，战斗无虚日，民歼于兵，城池室庐鞠为茂草”。
而且，蒙哥、忽必烈在乌斯藏设立驻军、派遣官员清查户籍的行为，在国家管理层面或许是一种进步，但对于当地土人，却是实打实的灾难。
为了确保元朝在乌斯藏的统治，忽必烈在道路沿途设立了众多驿站，并且和其他地方一样，设立站户来维持运营。由于驿站运营的成本太高，都压在站户身上，几乎不可能维持，因此各地蒙古站户总是很快破产，然后大批逃亡。甚至有人因为还不起债，卖完了家人自己，最后干脆把自己也卖了的。
而在高原上，情况还要更加恶劣。在这里，站户发展成了所谓“乌拉差役”制度。乌拉的意思是无偿劳役，因此这个制度的核心，就是各种机构无偿要求平民给自己做工。而且和蒙古人不同，在乌斯藏，能发展成人人都是“站户”，所有领主、管理都是“驿官”……
“乌拉差役”的种类极其繁多，到制度稳定的时期，统计下来，每个农奴每年居然要承担1800多种，实际上已经失去了意义，因为根本不可能完成了。而且，蒙古站户还能逃亡，乌斯藏地区的站户连跑都不会跑。结果元朝带来的这些制度，就越来越逆天，以至于随便谁打过去，对这些农奴都算是解救了。
元朝末年，战争还在继续。原来这个时候，帕竹地区的万户又崛起了，开始和其他地方的人打来打去。到元顺帝后期，帕竹万户成功取代了萨迦派的“本钦”，控制整个地区。而元朝中央已经无力施加影响，只能予以承认。
直到洪武十年，中原地区才再次发起针对该地的军事行动。这一年，朱元璋任命邓愈为征西将军，沐英为副将军，率领三路明军出征，渡过黄河，一路打到了昆仑山。沿途的土人军事力量被彻底瓦解，唐末以来丢失的洮州、岷州等重要前沿地区都被收复。明朝在这些地方设置卫所，充实驻军，辅以贸易和羁縻，算是维持住了边界。
而吐蕃当地的力量，其实也远不如唐朝那时候了，面对明军，其实也没有称臣纳贡之外的办法，毕竟他们也不知道明军是不是会和之前元军一样，真的突然冲过来把……
消除了这些后顾之忧之后，明军才得以放开手，对于更外围的元军展开军事行动。否则的话，就算战胜，也肯定难以维持了。
而这次，不出意外地，东察合台汗国立刻选择了站在元朝对立面，也加入了明朝一方。态势就此明朗了起来。