军队的强弱，终究是战绩来说了算的。商团的武装，虽然说是有中原的技术，有训练充足的汉人卫士，但实际表现却不怎么突出。不但没有办法统一当地，甚至连压制土王都做不到。很多商团，依然得依附于土王，看人家的脸色来维持自己的存在。
这种情况下，再怎么吹“一汉当五胡”之类，都没有什么意义。连打都不敢打，说这么多又有什么用呢……
所以，陈文康等人看开了之后，就果断开始对这些人下手，着力整顿军队，试图把零散而软弱的商团武装正规化。但是，到明军第一次南下为止，这些改革都处于一种“说没用它有点用，说有用它对结果也没影响”的尴尬境地。
之前陈文康说别人的情况，人家也可以拿来说他。毕竟，战场上打不赢，什么都是虚的啊。
而这次战争，和之后征东行省的行动，给了大家当头棒喝。继续再这么下去，是肯定不行了。另外，战争也确实起到了一些积极效果，比如把之前陈文康等人不好意思亲自动手处理的碍事士族，给解决了很多。
现在，倭人雇佣兵的来源削减严重，陈文康等人就继续推动自己的想法。
在他和孙彬等人的规划下，爪哇行省开始有意区分野战军队和治安军队。这种划分方式，在全世界都不太多见，因为大家一般都是养一支军队，然后哪里需要去哪里用。但是，爪哇行省的情况实在太特殊，因此，在倭人逐渐减少之后，只能人为设置这种军队了。
另外，他们开始推行轮值制度。南洋的土人只是一个概括性质的称呼，实际上，他们相互之间也差距巨大。甚至，同一个岛上的土人，都可能完全不同。
这些土人之间，其实也没有什么共同认识，更别提用相同的“土人”名号互相沟通了。理论上，你把巨港周围的土人运到苏禄，那么他们同样可以起到倭人那个生态位所起到的效果。只要加以训练，是能填补上这些问题的。
在野战军里也是一样。土人可不可靠，得看具体是哪些土人、元军在带着他们去做什么。总之，陈文康认为，反而不能再和之前一样，去排除所有土人了。
现在这个见鬼的情况，只能给土人武官和士兵更高的重视，毕竟炮灰其实也有三六九等。之前在内战中还能用来填一填战线的土人，在遭遇明军的时候，连基本的拖时间的工作都完成不了。在战场上，最主要的表现，反而是拖累其他人，成为全军的累赘了。
至于如何去改善，他们当时的想法，就是直接模仿明朝的经验，去经营自己的军队组织，让大家去各地屯田。
陈文康起家的时候，一些巨港周围的土人也因为各种理由，加入了他这边。于是，他开始以这些人为基础，再次推行改革。
其中一部分土人军官和士兵，被他整个打包带到了吕宋岛南部。这里本来有一些土人小王国，但在之前的“北伐”中，这里驻扎的北来商人，连同他们影响的当地土人，全都在交战时送了个干净……
加上之前南洋地区内战造成的损失，在当地形成了不少的空缺，因此这种有意的迁徙，也没有遇到太大的困难。很快，这些来自巨港一带的“武装殖民者”，就成功在吕宋站稳了脚跟。他们以农庄为单位，在几个选好的地方，安顿了下来。
按照行省的规划，这些人可以在当地耕作，获得官府赠予的土地、农具，甚至享有一些特权。而且，视农庄的规模、产出高低，分为了若干个等级。最高级别的农庄，负责给行省提供级别最高的服役者，比如船上的水兵，负责维护技术兵器的人员等等。他们的税收比例最低，而且不用承担其他类型的劳役。
低一些的农庄，视其高低，就得负责其他更多的任务了。视他们方向的不同，还逐渐被细分为不同的类别。有些“乙级”的庄园，可以出产糖类、棉花等经济作物，乃至更加值钱的香料。因此即使不提供最优秀的士兵，也可以获得官府的优惠待遇，减少一部分徭役，乃至缩短他们的服役期本身，以便让这些人更好地投入生产；
而另一些，则专门给行省提供士兵，这些人的庄园往往就只是一般的土地，官府对他们的赋税要求也不高。不过，他们每年都得花不少时间，去参与军事训练。另外，在行省的制度里，那些修桥铺路、兴建水利的工作，也是他们负责的。虽然土人对此不太理解，觉得这些事儿好像没有什么关系，不知道为什么非要放在一类，但官府却对此非常坚持，因此也保留下来。
更低级的农庄，承担的就是比较常规的任务了。在新的制度下，土人也有了级别差异。像是这些丙等乃至丁等的庄园，一般就不是陈文康等人的嫡系，而是收编过来的苏门答腊和爪哇一带的土人。官府把这些人的部落打散，然后也成船地运到海对面的吕宋，在那里种植稻米等“基础”作物，然后抽出时间，进行军事训练。
为了鼓励他们，官府还制定了规则。如果庄园里有人能够立下军功，那么整个庄园都可以被记为优秀，获得产出方面的减免，不需要缴纳那么多粮食；相反，如果当地产出很高，就可以得到兵役方面的减免。
南洋的一些比较肥沃的地方，产出都可以分季，一年能收获不止一次。只要好好琢磨耕种技术，修整水利，产出的提升空间是很高的。于是很多农庄的成员们，就不像之前那样，面对土王和头人天天摆烂，而是努力开发更适合本地的种植方案，尽可能提高产出。
这套制度下建立的庄园，完全绕开了原本的土王和商团，直接归属行省管理，所以土人的实际赋税往往并没有这么高。而且其中特别优秀的，能够直接获得升级，因此土人工作也特别积极。在吕宋试点才几个月，陈文康等人就发现，效果出乎意料地好。而且，行省军队也习惯了在各个岛屿之间快速机动。偶尔有和本地土人的冲突，或者因为享有单独的福利被土王嫉妒，元军也能迅速赶到。虽然打不过徐达，但打打这帮人还是轻而易举的……
所以，在成功之后，这个方式就迅速推广到了其他地方。第二批试点，就在暹罗展开了。