CE70年，4月1日前夕。
在超维要塞韦罗斯的安排下，接受了寻找与鬼脸众相关线索的何名带领伙伴们进入高达SEED的世界下，不幸与伙伴们失散，并在坠落荒野的军机中，与娜塔尔·巴基露露相遇，由此展开了一段荒野逃生的旅途。
旅途中，两人与一对疑似拥有新人类潜质的姐弟，以及从强化人研究所当中逃出的少女先后相遇后，与驻守在当地的地球联合军驻军发生摩擦后，在及时赶到的伙伴们的支援下，最终脱身而去，但也因此与娜塔尔·巴基露露暂时告别。
按照来自东亚共和国宇宙军总部发来的命令，何名与伙伴们来到了位于L4的殖民卫星，并且成为了当地驻军的技术军官，协助东亚共和国完成了新型MS的开发工作，由此增强了对东亚共和国宇宙军的影响力。
随后，在新星战役当中，凭借着新型MS以及灵机一动之下，所带来的太阳能发电装置的影响力，何名继而利用这项技术所带来的巨大影响力，成功地让东亚以及奥布暗中达成了某些协议，一同开发能够让遭受了中子干扰器扩散后，全球面临能源危机，继而频发饥荒，暴乱的险峻局面得到缓解，甚至是解决的新型能源中枢系统。
伴随着CE71年的到来，在何名的影响下，东亚以及奥布的联手之下，因中子干扰器扩散而频发的能源危机终于迎来了曙光，同时也让深藏在世界背面的身影忍不住展开了行动。
在那深藏不露的恶意之下，作为PLANT的国民偶像——拉克丝·克莱因以及其父西格尔·克莱因先后遭受袭击，拉克丝·克莱因被虚假之人所顶替，夺取了身份，而其父西格尔·克莱因则遇袭身亡，成为了PLANT，扎夫特与地球联合展开不死不休的死战的导火线。
如此严峻的局面之下，奉命测试新战舰以及新型机体的何名意外地在尤尼乌斯7号的废墟上，与濒临死亡的真·拉克丝·克莱因相遇，并对其伸出援手后，也渐渐地得知了隐藏在PLANT背后的阴谋，并确定他们所要寻找的鬼脸众线索就隐藏在了PLANT当中。
因此，展开了种种行动，引导东亚以及随后因为太阳能系统的成功而不断聚集起来的第三方势力，对这场被阴谋所笼罩的死战展开干涉，迫使隐藏在幕后的阴谋家，鬼脸众不得不现身，与何名等人展开决战。