一周后，一份初步的《第三新东京市遗址现状及中央教条区推测结构报告》被整理出来。
报告显示，地表建筑几乎全部坍塌或融化，被厚重的侵蚀性沉积物覆盖，形成一片崎岖狰狞的红色丘陵。
但在地下深处，多个大规模的空腔结构依然存在，能量读数异常复杂，有强烈的相位扰动。
其中最大的一个空腔，与中央教条区的历史位置基本吻合，其内部检测到一种庞大、沉静却又仿佛蕴含无穷潜能的特殊生命/能量信号——推测为莉莉丝本体。
“根据能量流分析，该区域确实是全球侵蚀网络的一个关键‘节点’或‘泵站’。”第一分身审阅报告后指出，“大量侵蚀能量以此为原点或中继点扩散。
在那里建立强净化场，理论上可以对区域乃至更大范围的侵蚀能量流造成显著干扰。”
“但那里的防御绝不会弱。”第二分身调出扫描图中，空腔结构外围一些规律排列的微小能量点，“这些可能是自动防御炮台、感应器阵列，或者……某种我们尚未遭遇过的防御性EVA或生物构造。
而且，地下环境复杂，通道可能损坏或堵塞，不利于大型机体展开。”
作战方案的制定随之展开。
经过多次推演，初步行动计划被命名为“深根行动”。
核心目标是：在中央教条区正上方或最近的可抵达地表位置，成功部署并激活至少三座“支柱-I型”净化单元，形成覆盖核心区域的强净化场，尝试对莉莉丝本体及周边侵蚀结构进行压制与转化。
部队编成方面，突击队由明日香（EVA泰坦）、真希波（二号机）、绫波丽（三号机）以及三台拼装机体组成，负责清除前进路线上的敌人、护送支柱单元、并在部署地点建立防御。
一支由加持良治亲自指挥的WILLE精锐陆战队将搭乘经过强化改造的装甲运兵车随行，负责支柱单元的地面最终部署操作、技术支援以及应对步兵级别的威胁。
“Wunder”号将停留在相对安全的空域，作为指挥中枢、支援火力和撤退接应平台，碇真嗣与初号机待命。
永恒寻知号负责轨道侦察、实时通讯中继，并在必要时提供精确的轨道火力支援，但其主要火力将用于应对可能出现的、来自远距离或轨道层面的敌方增援，避免对脆弱的地下结构或莉莉丝本体造成难以预料的破坏。
行动路线选择了从第三新东京市遗址东南方向切入，避开几处能量反应最混乱的区域，沿着一条相对“平缓”的侵蚀谷地向目标点推进。
沿途预设了多个检查点和备用撤退路线。
针对可能遇到的抵抗，预案包括应对大量量产机围攻的饱和攻击战术；应对新型特化EVA或使徒级单位的重点突破与牵制战术；应对地下环境坍塌或相位陷阱的紧急工程措施。
以及最坏情况——与疑似在附近活动的六号机、九号机等真EVA正面冲突时的撤退与掩护方案。
支柱单元的投放成为技术关键。
最终决定采用“双重投放”模式：先由经过特殊改装、具备短时悬停和精确空投能力的重型运输艇，将支柱单元投送至尽可能靠近目标点的地表；然后由EVA或重型工程机械将其运送到最终部署点。
每座支柱都加装了额外的外部装甲和点防御系统，以应对运输和部署过程中的攻击。
与此同时，人员训练和装备调试也在同步进行。
明日香、真希波、绫波丽增加了在模拟复杂地形和地下环境中的协同作战演练。
三台拼装机体的沉思者阵列更新了针对新环境和潜在敌类型的战术数据包。