他们转而进攻小仓城的幕府军以及安艺的幕府军。
两处幕府军难以抵挡长州军的猛攻，小仓城被攻占，九州诸侯哗变，同时间，安艺的幕府主力也开始败退，一部分跑到了石见内，一部分撤退至大阪。
而大阪城内，一桥庆喜还在和老中们博弈，他没有接任将军，最终只是代理，然后开始处理将军的后事。
朝廷这边，因为孝明天皇还在，朝廷还站在幕府这边，不过朝廷这边已经在劝说幕府与长州藩和谈了。
柳生对此早有预料，因此不管战局如何变化，他也是守着石州口一带，保证自己的安全。
长州军也刻意避开石见，在攻占小仓和安艺后，就退兵休整。
此时，萨摩藩的大久保，西乡等人看出幕府已经彻底失败，再加上幕府处理家茂的葬礼，他们立刻劝说岛津久光等人，与长州联手，出兵倒幕。
岛津久光也很果断，同意了此事。
这时候，幕府内部达成了协议，老中们同意庆喜进行幕政改革，庆喜接任将军之位，改名德川庆喜。
随即他以将军的名义同意了朝廷的建议，与长州藩议和。
胜海舟带着朝廷和幕府的旨意抵达石州口。
他一到石州口，就派人前往长州藩传信，请求长州进行和谈。
长州内，关于是否和谈一事展开了讨论。
最终高杉晋作力排众议，同意和谈，他说道：“长州藩经此一战，已经向世人展示了自己的姿态和决心。
我们现在休战，不是因为胆怯，而是为了更好的进行之后的事情。
诸位，我们需要时间休整，等到我们以最好的状态，上洛，倒幕！”
众人听了高杉晋作的演讲，也同意了议和。
随后胜海舟便和长州藩代表广泽真臣和井上闻多在宫岛进行和谈。
这次谈判对于胜海舟来说十分艰难，毕竟幕府十万大军惨败，小仓等诸多领地被长州藩占领。
好在柳生攻占了石州口，也算是挽回了一些局面。
经过一番拉扯，双方终于在停战协议上签字画押。
胜海舟拿着停战协议，感慨万千。
柳生摇了摇头：“这份停战协议就没什么用处，长州不过是想喘口气罢了。”
胜海舟叹了口气：“幕府又何尝不是呢？现在因为战争的事情，导致各地粮价上涨，出现了大规模的动乱。
柳生大人，幕府也已经无以为继了。”
柳生闻言，沉默了，他只能让部队收拾营地，跟随胜海舟一起离开石州口，撤军返回大阪。
他一回到大阪，就得到了幕府的赏赐，胜海舟一脸感慨道：“家茂公临终前，还在惦记你，而且还告诫众人，不能剥夺你的北海道总督之位。”
柳生叹了口气：“我不会辜负家茂公的。”
胜海舟却是说道：“柳生大人，如果后来局势不利于德川幕府，我希望你能看在日本国的份上，不要抗争到底。”
柳生没有说话，而是看向了那匹阿拉伯战马。