就这样，又几日过去了。
因为使徒只剩下了最后一只，NERV总部内，那根紧绷的弦似乎暂时松懈了下来。
渚薰，作为SEELE送来的“援军”，以第四适格者的身份正式加入了NERV。
他被安排驾驶修复后的EVA二号机，名义上是为了应对那迟迟未出现的、最后的使徒。
银色的发丝，红宝石般的眼瞳，以及那仿佛不属于凡尘的微笑，都让他与显得是如此与众不同。
然而，最让人感到不可思议的，是他对碇真嗣近乎本能的亲近。
“你的存在，很美好。”
渚薰曾不止一次地在模拟训练后，对满身是汗的碇真嗣如此说道，声音清澈而真诚，
“就像音乐一样，值得被温柔以待。”
对于这份突如其来的善意，碇真嗣有些无措，但更多的是一种被认可的慰藉。
他将之归结为同为EVA驾驶员的某种共鸣，渐渐地，这个谜一般的少年，成为了他为数不多的朋友。
但平静的表象之下，暗流汹涌。
葛城美里的办公室内，烟灰缸早已堆满了烟蒂。
她这几天都没睡过好觉，双眼布满血丝，死死地盯着桌面上那个小小的芯片。
这是加持良治交给她的东西，像一个潘多拉的魔盒，里面承载着SEELE那足以颠覆整个世界认知的“人类补完计划”的真相。
她必须做点什么。
但以SEELE的力量，她又怎么能保证这个消息能传到能帮助她的人手中呢？
虽然加持说会没事的，有个相当靠谱的人正在解决这件事，但……
下一刻，刺耳的警报声瞬间撕裂了整个NERV总部的宁静！
“紧急警报！MAGI系统遭到外部入侵！”
“敌方来源确认！是NERV德国支部、美国支部的MAGI复制体！”
“它们在同时攻击‘CASPER’、‘BALTHASAR’、‘MELCHIOR’！这是协同攻击！”
指挥室内，所有人都被这突如其来的变故惊得呆立当场。
自己人攻击自己人？这到底是怎么回事？
“镇定！开启A-660防御壁！所有防火墙转入最高级别！追踪入侵源数据流，进行反向压制！”
赤木律子是第一个反应过来的人，双手在键盘上化作残影，冷静地指挥着数字世界的战争。
作为当今世界上最了解MAGI系统的人之一，赤木律子很快就稳定了局势。
但就在众人刚松了一口气的时候……
主屏幕上，联合国秘书长的面孔被强行切入，他的表情冷硬如铁，宣读着一份不容置喙的通牒。
“……NERV总司令碇源堂，涉嫌隐瞒情报，意图利用EVA引发第三次冲击，毁灭现有世界秩序，建立其个人独裁统治。
现联合国安全理事会一致决定，要求NERV立刻解除所有武装，放弃抵抗，接受全面调查！”
这番话如同一记重锤，狠狠砸在葛城美里的心上。
她瞬间明白了，这是SEELE的手段。恶人先告状！
对于那个隐藏在世界权力顶端，成员遍布各国政要的神秘组织而言，颠倒黑白，将NERV塑造成全人类的公敌，简直易如反掌。
可……为什么？
葛城美里的脑中闪过一丝强烈的违和感。
SEELE的目标是人类补完，为此他们需要使徒全部被消灭，然后利用初号机或者莉莉丝以及朗基努斯之枪来完成仪式。
可现在，最后的使徒明明还没有出现，他们为什么要在这种关键时刻掀桌子？
而且……从袭击开始到现在，碇司令和冬月副司令的人呢？指挥室里，竟然看不到他们的身影！
“警报！检测到高能量反应！在中央大垂直沟！是EVA！”
一名操作员的惊呼打断了她的思绪。
大屏幕上的画面瞬间切换，鲜红的EVA二号机，正以惊人的速度突破层层防御，如一颗陨石般向着地下最深处的终极教条区坠去！