崇祯二年，准备抢先作污点证人，加入清算阉党的大军。他在东林和阉党都混得如鱼得水过，很多人的阴私他都小账本。
但他拿不准皇帝对东林的态度。毕竟魏督公倒台后，刘鸿训等人组阁。于是，准备了两本奏章。一本是反魏督公的，还有一本是即反对魏督公，也反东林的。
两本奏章一起交给他的盟友杨维垣，嘱咐他见机行事。看准风向，再决定上哪一个奏本。
杨维垣是阉党干将徐大化表侄，又与阮大铖相友善，过去曾经极力诋毁东林之王纪、顾大章、王之寀等人，导致王纪被严厉斥责，顾大章、王之寀则被罢免。
崇祯帝即位，杨维垣深感得罪东林太深。为求自保，倒转矛头一并攻击阉党与东林诸人，升太仆寺少卿。这件事让阮大铖误以为皇帝对东林的态度。毕竟你俩狗咬狗，都不是好东西。
东林扶持他们父子三人登基不假，可是打算控制他们父子三人也是事实。
崇祯元年（1628年）杨维垣被御史毛羽健弹劾而罢官。杨维垣急于跑官，没有完全看清楚局势，就急忙下场了。
崇祯二年（1629年）钦定逆案，杨维垣再三考虑后，决定上阮大铖的第二奏本，连东林带阉党一块弹劾。因为东林对他威胁更大。
结果这一次押错了宝。当时发了一件突发事件。
崇祯元年七月，惠安伯张庆臻被任命为总督京营兵马戎政，敕令中擅自添加“兼辖捕营”内容。巡捕营提督郑其心，不知何故知道尚未公布的圣旨内容，并立即告发，称此为越权。
总督京营兵马戎政不得兼辖巡捕营，这是明朝高压线，就是防止兵权过于集中。而诏书是内阁出来的。这说明阁臣勾结勋贵，背地里操弄兵权。差点没把刚登基不到半年的崇祯吓死。
矫诏事件后，崇祯下决心，拿下刘鸿训，让东林组阁。
杨维垣一败涂地，以“拥戴赞导”罪名，被遣戍淮安府。
杨维垣因为正和东林敌对，因此没有按照他的嘱托“见机行事”，草率的上了第二本，导致阮大铖也成了逆党。
皇帝很生气，认为他们和刘鸿训是一伙的。结果他名列阉党逆案被罢官。
此后他避居安庆、南京，招纳游侠，谈兵说剑，结成文社。不敢再出头。
中途他想与复社和东林讲和，因此在复社领袖张溥为其师周延儒复相而奔走活动时慷慨解囊相助，表示愿意重归东林。
但东林大多数人，都反对周报答他。周延儒就没有帮他重新出来做官。
因此崇祯一朝终未得仕。
阮大铖的钱这次扔到了水里，连个响儿都没听到，白白花钱给周延儒买个首辅了。此时，他看刘兴祚兄弟搭上杨府，独自领铁山军，算是在朝鲜开府建牙了。他又热心了起来。
他和张溥交好，杨凡的实力他比崇祯知道的多。
他本来打算，继续开动钞能力，走走定远侯的门路。
可是，他先叛东林，再叛阉党，把林月如也得罪了。此时，就算他想送钱，可是林大小姐也恼恨他是反骨仔，也不搭理他了。毕竟毛文龙反水，让林大小姐对这些首鼠两端的王八蛋有了成见。
可天无绝人之路，阮大铖尽管做人混蛋，可他生了个才貌双全的好女儿。他靠他女儿终于走通了杨凡的门路。