通过维度通讯仪将关键生物样本送回战锤世界，让本体以此为基础调制一台全新的、完全属于“陈瑜”的EVA，固然是最理想的方案。
但如果这个过程因意外而延误，或者无法在“那件事”发生前及时完成，那么，一台已经被他预先植入特定技术后门、其系统逻辑在一定程度上被他所理解甚至能够施加影响的EVA机体，就将成为他手中至关重要的备选筹码。
目前正处于修复状态、监管相对集中且有机会进行内部改造的三号机，无疑是这个备选方案的最佳目标。
至于三号机内部那套曾被陈瑜深入剖析的傀儡系统，在他的评估体系中，其威胁性被大幅降低。
这套系统对于碇真嗣那样心智尚不成熟、易于被外部指令左右的年轻驾驶员而言，或许是难以挣脱的枷锁。
但在陈瑜及其本体看来，这套系统本质上不过是一种具有一定复杂性的辅助控制系统，其核心逻辑在于模拟驾驶员人格并接管操作权限。
陈瑜有充分的自信，基于他对该系统底层代码和接口机制的深入了解，结合自身超越此世常规的灵能手段以及可能从战锤世界获得的技术反制措施，他完全有能力确保这套系统无法对他认定的驾驶员构成威胁。
在他的规划中，傀儡系统的定位可以被扭转。
当需要时，它可以成为分担驾驶员精神负荷、提升同步率的辅助工具，替驾驶员承受部分神经压力和战斗痛苦。
而其“取代控制”的功能，只有在陈瑜需要它启动时，它才能启动，否则，它将始终处于被监控、被抑制的状态。
修复工作仍在继续，三号机的轮廓日渐完整。
在NERV的记录中，这是陈瑜博士负责的一次成功的技术修复与有限创新项目。
而在陈瑜的蓝图里，这却是一次针对关键战略资产的隐性改造与预先布局。
他一边稳步推进着获取核心生物样本的首要任务，一边耐心地编织着笼罩在三号机之上的、属于他的第二层网络，为应对即将到来的风暴，增加一份沉甸甸的筹码。
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陈瑜在三号机修复过程中所展现出的高超技术能力，以及他那些看似合理却隐约超出常规框架的“技术验证”，虽然大多在NERV的技术讨论框架内被消化，但依旧引起了一些嗅觉格外敏锐者的注意。
加持良治，这位表面上游离在NERV与日本政府之间、实则身份复杂的双重甚至多重间谍，便是其中之一。
在一个看似偶然的傍晚，加持在总部一条相对僻静的走廊“偶遇”了正准备返回办公室的陈瑜。
他脸上挂着那副惯有的、略显轻浮却又让人捉摸不透的笑容，主动上前搭话。
“陈瑜博士，最近真是辛苦了。三号机的修复进度听说非常理想，这多亏了您的努力。”加持的语气轻松，如同普通的同事寒暄。
陈瑜停下脚步，目光平静地看向加持，点了点头：“分内之事，加持先生。”
“说起来，博士您的研究领域真是广泛，从海洋生态修复到尖端武器开发，再到EVA的深度维修，似乎没有您不精通的领域。”加持看似随意地闲聊，但镜片后的目光却带着一丝不易察觉的审视，“像您这样的人才，选择留在NERV，真是人类的幸运。”
陈瑜闻言，脸上没有任何波澜，只是淡淡地回应：“科学本就是一体的，不同的领域之间常有可借鉴之处。至于选择……每个人都有自己必须停留的理由，不是吗，加持先生？”
他刻意在“加持先生”这个称呼上稍作停顿，随即话锋微转，语气依旧平稳，却带着一种洞悉的意味：“就像您，似乎也并不仅仅满足于充当NERV与政府之间的传声筒。