就在陈瑜忙于学术交流、卡罗尔为创世星科考做准备的同时，詹姆斯·T·柯克正被另一种诡异而令人不安的现象所困扰。
他发现他的老友，伦纳德·麦考伊医生，最近的言行举止变得越来越……奇怪。
这位向来以脾气火爆、言辞尖刻、对非科学事物（尤其是瓦肯人的某些习俗）抱持怀疑态度著称的医生，偶尔会突然冒出一些完全不符合他性格的言论。
比如，在一次关于陈瑜的讨论中，麦考伊竟然用一种异常平静、逻辑严密的语调分析起跨维度旅行的能量守恒问题，最后还下意识地抬手，做出了那个标志性的瓦肯举手礼的雏形，随即又像是被烫到一样猛地放下，自己还嘟囔着“见鬼了”。
又比如，他会突然看着自己的双手，用一种混合着困惑与了然的语气低语：“ Fascinating…（很有趣…）”——这是斯波克的口头禅。
这些细微的变化起初只是让柯克觉得有些突兀，但次数多了，一种荒谬而令人心悸的猜想在他心中萌芽。
他不敢深思，直到一位意想不到的访客找上门来——沙瑞克，斯波克的父亲，瓦肯大使。
沙瑞克依旧保持着瓦肯人特有的冷静与威严，但他深邃的眼睛里带着一种前所未有的凝重。他没有寒暄，直接对柯克说出了那个石破天惊的消息：
“柯克船长，我的儿子斯波克，在牺牲之前，与麦考伊医生进行了‘心灵融合’（Fal-tor-pan）。”
柯克感到一阵眩晕，他当然知道瓦肯人的心灵融合意味着什么——意识的共享，记忆的传递，甚至是……灵魂的碎片依附。
沙瑞克继续用他那平稳无波的语调解释，但话语的内容却让柯克心如擂鼓：“斯波克的Katra（灵魂、意识精华）并未完全消散。
一部分，最重要的一部分，正寄宿在麦考伊医生的意识深处。
这也是麦考伊医生近期行为异常的原因，他正在无意识地承载着斯波克的思维模式和部分记忆。”
柯克瞬间明白了，为什么“骨头”会说出斯波克的话，为什么会有那些不符合他性格的举动。
这不是精神问题，这是……斯波克以另一种方式存在着！
“这种状态对两人都是巨大的负担和危险。”沙瑞克严肃地说，“麦考伊的人类心智无法长期承受瓦肯Katra的融合，而斯波克的Katra也无法在非瓦肯人的意识中获得真正的安宁，时间久了，两者的灵魂都可能受到不可逆的损伤。”
他给出了唯一的解决方案：“必须将斯波克留在创世星的遗体带回瓦肯母星。
只有在圣城席卡赫尔（Mount Seleya）的神庙中，通过古老的法尔托尔潘仪式，才能将Katra与遗体重新结合，让斯波克的灵魂得以安息，同时也解放麦考伊医生。”
这个消息让柯克震惊无比，但随之而来的是无比迫切的责任感。
斯波克还“活着”，而他的老友“骨头”正在为此承受痛苦。
他必须帮助他们！必须立刻前往创世星，找回斯波克的遗体！
然而，现实却是由于他回到地球后长时间的精神恍惚状态，星际联邦舰队高层基于心理健康评估，已经暂时解除了他的指挥权，给他放了一个“强制长假”。
他目前无权指挥任何星舰。
更糟糕的是，他心爱的企业号在之前与可汗的惨烈战斗中受损严重。