明朝一开始试图通过禁海，斩断他们的联系，抑制海盗的肆虐。然而，这种招数对付小股海盗还行，对付爪哇元这种拥有正规军的势力，就明显不够了。
明朝又试图迁徙重要地区的沿海民众，在方便登陆的地区坚壁清野，试图断绝爪哇海盗的补给，逼他们尽快离开。然而迁徙行为影响了当地人的生计，反而引起更大的不满。
失去生活来源的渔民和小商人纷纷啸集海岸，私自从事捕鱼和黑市贸易，乃至主动投向爪哇元。官府屡次下达禁令，都达不到效果，反而导致情况更加恶化。爪哇军队甚至公然登陆，攻打州县，抢劫府库。又和东北地区的元朝残余势力配合，多路袭扰，让朝廷焦头烂额。
洪武十二年，胡惟庸案爆发。有人告发他与占城国有秘密往来，而占城是明朝和爪哇元之间的重要缓冲国。事件迅速发酵，最后演变成了勾结爪哇元意图叛乱的大案，朝野上下受到巨大冲击。
不过，借着这次大案，明朝终于开始转变思路，不再继续折腾渔民，而是试图打击爪哇元在中上阶层的支持者，同时开始筹建水师，准备在海上消灭敌人。
水师是十分烧钱的，而且是持续地烧钱。陆军不用时，可以屯田种地，但船就算丢那儿不用，都得频繁花钱维护。
而且，一艘船往往起不到什么作用，至少得让自己水师的规模和敌人差距不太大，才会产生价值。一次的投入，不是一条战船，而是一整个船队。
所以，中原王朝对此往往热情都不高。
扩建水师往往只在两种情况下可行：要么，敌人造成的损失太大，已经远超水师的高昂费用。要么，就是水师带来的收益很高，让这些成本可以忍受。
明朝是被迫接受了前者。但当水师建立起来，并且因为战争，需要长期维持的时候，追求后者，以降低财政压力，就变得理所当然了。
实际上，远洋商路不仅对紫帐重要，对任何一个国家，都是巨大的财源。明朝虽然是各种精工商品的原产地，看起来十分富饶，但这么一大笔税收，对他们来说也不是个小数字。这些利益，吃不到的时候觉得无所谓，一旦体验了两回，就不想放手了。
第二轮战争主要在海上进行，虽然规模不如上一次，但涉及的范围更大。爪哇元和明朝的水师，从琉球打到满剌加，整个南洋都变成了战场。
明朝一度在满剌加筑城驻军，试图卡住海峡，切断爪哇元的贸易通道，困死他们。爪哇元则一边绕向南方，寻找新航线，一边与帖木儿帝国结盟，打跑了明军，夺回据点。而几年之后，明军又从交趾乘船南下，试图再次争夺贸易线……
零零散散的战斗，一直持续到朱元璋去世，才告一段落。然而消停了没几年，继任的天平皇帝朱标又发动了新的战争，试图从吕宋岛下手，双方再次打成一锅粥。严格来说，这一轮一直持续到现在，都没算结束。