橘子群岛的某处海面上。
一艘二层的游艇船正在慢悠悠地航行着，船首的桅杆上，一只黄皮耗子双足站立着。
甲板上，宝可梦观察家小健正在写生，小霞和小智则在船尾享受着舒适的海风和太阳。
船舶驾驶位上，开船的是一位年轻靓丽的大姐姐，名字叫做‘小美’。
“天气真好啊！”
船长小美抬头望了一眼万里无云的天空，对着小智一行人道：“距离下一个岛屿还有一段距离，大家趁着这个时间好好放松玩耍一下吧！”
对于这个建议，主角团自然举双手赞成。
“出来吧，大家！”
小智率先激动了起来，将手里的全部精灵球扔出，拉普拉斯、杰尼龟、妙蛙种子和喷火龙当即撒泼玩了起来。
尤其是拉普拉斯，更是在海中玩得不亦乐乎，甚至还不忘带上不会游泳的皮卡丘和妙蛙种子。
至于喷火龙则是飞翔在天空之中，这种天气喷火龙也很喜欢。
小健紧随其后，放出了飞天螳螂、毛球和玛力露，但由于飞天螳螂和毛球不会游泳，所以只能在甲板上晒太阳玩耍。
至于小霞的宝可梦多是水属性的，除了宝可梦外几乎都能游泳。
哦，鸭神除外！
这是个旱鸭子！
就在这时，小智想起了他还有一只宝可梦，于是放出了身材圆滚滚的卡比兽。
“卡比~”
卡比兽睡眼惺忪，它甚至还没来得及睁开眼睛，就被小智快速收了回去。
因为再不收回去的话，这艘小船就要失衡翘起来进水了。
卡比兽的体重，对这艘小船而言还是太难以承受了一点。
就在主角团一行人在海上玩得不亦乐乎之时，谁也没有发现潜藏在海面下，踩着机械鲤鱼王潜艇苦苦跟随的火箭队。
哪怕到了橘子群岛，他们也依旧没有放弃抓捕小智的皮卡丘。
但很快，原本晴空万里的天空突然变得乌云密布起来，云间有空不雷霆在酝酿积蓄。
与此同时，原本平静的海面也突兀变得波涛汹涌了起来，不仅使得在海里玩耍的宝可梦们身体摇摆难以适应，就连小船也变得难以控制，只能随波逐流。
“回来吧，大家！”
不得已，主角团一行只能将放出的宝可梦重新收回了精灵球里。
也不知过了多久，随波逐流的小船前方终于出现了一座巨大的岛屿。
“居然来到这里了吗？”
看着远处的巨大岛屿，船长小美有些意外，见其他人一脸不解，只能解释道：“这里是亚细亚岛，是橘子群岛海域的尽头。”
……
与此同时，随着时间流逝，火之神缺位的影响也在不断扩大。
在世界各地都出现了天气紊乱的情况，明明刚刚还是大晴天，但很快就会挂起大风，接着便会下起暴雨。
然而暴雨还没持续几秒钟，就又变成了大雪纷飞。
更让人绷不住的是，天空中甚至还出现了极光，就连白天和夜晚也变得失调，随时可能会发生调换。
不仅是环境天气发生了变化，就连宝可梦们暴动了起来，做出了种种不可思议的举动，使得全球的人类都有些难以适应。
……
关都地区。
真新镇。
“大自然一定发生了什么事情！关于大自然，人类还有很多不知道的事情。”
大木博士本来正在跟花子闲聊，看到暴动的地鼠群后，敏锐地察觉到了问题，一脸凝重道：“但宝可梦比人类敏感得多，它们应该是感受到了什么……”
石英联盟总部。
由于天地变化以及宝可梦的暴动，全世界的人民都陷入了恐慌之中。
从一个小时前开始，打向联盟总部呼叫支援的电话就没有停下过。
“到底发生了什么事情？”
联盟总部大楼，阿渡带领着希巴、菊子和科拿等一众高层，抬头望向变化莫测的天空，眉头紧皱。
他们知道出问题了，但却完全不知道是哪里出了问题。