破军号星舰再次返厂大修，上海支部和东大的残余力量正在厉兵秣马，紧锣密鼓地为决定这个世界人类命运的最终一战做着准备。
除了破军号本身，三号机、八号机，也在为最终的战斗进行特化改装，东大政府完全剥夺了前NERV管理层们对铃原东治的监护权，因为经过他们判定，驾驶员心理状态受到了这些NERV残余人员的负面影响，会降低接下来战斗的胜率。
赤木律子竭力争辩，但不论是加持良治还是葛城美里，都在这次事件中保持了沉默，因为他们心知肚明自己这些人到底是如何对待碇真嗣还有铃原东治的，他们二人知道，铃原东治离开了NERV原本的员工群体的环境，会生活的更好。
上海支部在通过卫星得到了NERV本部的最新动向，并快速根据敌人的动向制定了最新的作战计划。
顺带一提，即使现在所有的EVA都凭空从这个地球上消失，祂们的遗产也不是毫无保留，因为人类已经吃透了莉莉丝和亚当一系生物的拟神性推进技术，并且成功地应用在了最新型号的卫星上。
这些卫星可以通过其内部的微型N2电池来提供动力，制造半永久维持卫星在轨道上运转的“光环推进系统”，这就是人类智慧之果最强大的地方，也可以说是第一始祖民族遗产的真正精髓。
碇源渡在各方偃旗息鼓、休养生息的间隙，和冬月一起，启动了NERV本部这座浮空堡垒的全部功能，让它能够利用强大的AT力场，硬生生地将材质相同的黑之月整个拖起，然后缓缓地向南极加略山基地的位置移动，那是第二次冲击的原爆点，也是一切终结之地。
（正在拖拽黑之月的NERV本部浮空堡垒）
因为在当初五个ADAMS的共同作用下，被称之为“地狱之门”的特殊Guf之门在南极加略山基地被永久地打开了，人类目前没有任何手段能将之关闭，碇源渡就是要利用这点，让这扇门扉作为“Additional Impact”的起始点，将地球上所有的灵魂完成净化。
只要这个“次数外冲击”成功启动，那么不论东大庇护之地制造多少反L力场发生装置，最终都难逃被灵魂的洪流冲垮的结局，因为那一隅之地的资源终究是有限的，无法永续地维持下去。
所以不论如何，这一仗都必须要打，不论是时间还是局势，都没有给人类仅存的庇护之地韬光养晦的机会。
而在蓝宝石花之乡的青子一干人等，这段时间当然也没有闲着，既然决定要干预这个世界的“结局”，那她们就一定会努力做到最好。
首先，根据最终教条一战中第十三号机展现出来的装备和特性，对二号机和五号机进行了一番深度改造，原本只是作为ADAMS复制体的他们，在青子一伙人取得了九号机之后，获得了“可变形躯体”的相关改造技术，虽然没办法变成像是奥普弗EVA那样全身都是核心的“不死之身”，但也仍然可以让二号机和五号机获得快速在多种装备模式中切换的能力。
没错，就是在九号机劫狱，救走碇真嗣的时候，将后背的“软体触手”快速变型成推进器的手段。