事实果不其然，加持良治的劝说失败了，碇真嗣一醒来，就立刻被强制佩戴上了DSS Choker，而众人除了向他说明了项圈用途之外，其它任何现状都没有向碇真嗣说明，碇真嗣的问题也没有得到回复。
葛城美里在强烈的纠结状态之中选择了保持沉默，而愿意站在碇真嗣一边的三号机驾驶员铃原东治则被禁止了和碇真嗣直接接触，他们之间见过的唯一一面，铃原东治只来得及向真嗣问好。
“呦，好久不见了，真嗣（Shinji），”带着黑色眼罩的铃原东治笑着说道，他的语气就好像是二人仍然在学校的教室里碰面了一样，“我们彼此之间都发生了不少事...值得庆幸的是，我们现在都活了下来。”
“东治？！你痊愈了？太好了！”碇真嗣扑到了钢化玻璃上，对铃原东治急切地说道，“你现在的身体还好吗？你的眼睛怎么了？还有，绫波在哪里？”
“绫波她...”
“接触时间结束，你应该离开了，铃原君。”
赤木律子冰冷的声音从扬声器中传来，铃原东治犹豫了片刻之后，还是决定遵守命令，对碇真嗣抱歉地笑了笑，离开了玻璃那头的房间。
此刻的碇真嗣一脸问号，他在拯救了绫波之后就陷入了昏迷状态，现在醒来了发现自己在一个完全陌生的地方，看起来并不像是他熟悉的NERV总部，那之后到底发生了什么？
为什么自己的脖子上被戴了这种莫名其妙的玩意儿？为什么NERV的大家都用一副冰冷的眼神看着自己？
没人愿意回答碇真嗣的问题，而愿意回答他的人，也就是铃原东治，也被禁止和他有更多接触。
但这一切仅仅是碇真嗣噩梦的开始，在赤木律子为他进行身体检查的时候，确实回答了他的部分问题，也就是有关绫波丽的事情。
“我们从初号机的核心中将你分离出来的时候，并没有检测到绫波丽的成分，”赤木律子无情地说道，她的心中带着一丝幸灾乐祸，“零号机驾驶员绫波丽，已经不存在于这个世界上了。”
“这不可能！”碇真嗣斩钉截铁地否认道，“我清楚地记得，我把绫波救出来了，她一定还活着，你在和我撒谎！”
赤木律子看着怒火中烧的碇真嗣，似乎看到了什么可笑的东西，这让她露出了些许冷笑。
回想起了那个利用了自己感情的男人，自己为他忙前忙后，但在他的心中，她甚至不如一个有着那个女人相貌的人偶重要...
现在看来，有其父必有其子，碇真嗣和碇源渡并没有什么本质上的区别。
没有继续回答碇真嗣的问题，赤木律子干脆地宣布体检结束了，然后自行离开了实验室，碇真嗣则被两个面无表情的警卫带走关押了起来。