残存的民众再一次被政府暗中进行筛选，并分批集中安置到了安全区以内进行工作，这其中包含大量优秀的年轻学生、各学科领域的专家、工程师、医生...
而那些没有一技之长、身体不那么健康的老年人、监狱中的罪犯等等，就全都被果断“舍弃”了，留在外界自生自灭。
西大的策略更加残酷，因为在西大的国土之内，存在多处收归国有的NERV支部，以及隐藏起来的SEELE基地，情况十分复杂，且这些基地各自为战，世界末日即将到来的消息早就传的沸沸扬扬，政府完全放弃了维持治安，只把军队和武器撤退回了有限的小型安全区内部各自为战，而且现在看起来还有分裂内战的风险。
东西大之所以敢于这么做，是因为他们的高层早就知道了深层的内幕，毕竟SEELE的成员实际上都出自各个国家的顶尖高层，相互之间的利益纠葛非常复杂，信息难免泄露。
大家都知道，实际上这种“冲击”，在某种意义上是可逆的，只要他们在冲击过后成功幸存下来，并且抓住碇源渡和SEELE的老头子们狗咬狗打的两败俱伤的机会，完全有能力反打一波，将那些因两次冲击的反AT力场失去形体的人类们再次还原回来。
虽然“还原”这一步具体怎么做还不清楚，但相关知情人士都确定这完全可能，因为这个世界上的地球生物还真就是依靠AT力场来维持形体，且灵魂不灭的。
NERV本部之中，所有员工在听到了紧急通知的广播之后，立刻沉默地放下了手中的工作，有序地按照之前已经演练过许多次的撤退流程，带着各自的行李，前往第三新东京市的机场。
在这里等待着的，是数十架经过特殊改装的黑色大型运输机，这些运输机的机翼两侧除了原有的引擎之外，还挂有两个类似战斗机备用油箱的黑色圆筒装置。
知情人士一看就知道，这两个圆筒就是用来对抗L力场的反L系统，事情发展到这种地步，SEELE也不会在意本部这些员工干不干活了，他们在之前的一年里主要工作就是维持NERV运转和修复三号机，用来防备不知道什么时候就会跑出来的第十一使徒。
但如今时候已经到了，第十一使徒出不出来都已经完全无所谓了，第三次冲击作为“已经发动了的冲击”，是不需要再有一个使徒作为祭品的，只要解开初号机的封印，那么冲击自然就会继续进行。
铃原东治正操纵着三号机，小心翼翼地把自己“挂在”运输机下方，他的动作非常精细，这还要“感谢”他被第九使徒寄生之后，提升了自己和三号机之间的同步率。
站在机舱口的葛城美里和赤木律子，看了生活多年的第三新东京市废墟最后一眼，然后惆怅地前往了客舱。
而作为副司令的加持良治，向仍然留在机场上的渚薰挥手道别，接着就拉动了开关，关闭了机舱。
“再见了，各位，”看着飞向西方天际的运输机群，渚薰面露微笑，“总有一天，大家都会再次相见的。”