说完，天空之上再次出现了一个巨大的环形空洞，但这次的空洞并不是Guf之门，而是青子召唤出来，通往蓝宝石花之乡的传送门。
包括两台EVA和众多人员、飞机在内，都整齐有序地通过了那个环形空洞，消失在了第三新东京市的上空，就好像他们从来都没出现过一样。
之后的事情就发展的十分顺畅、且没有什么意外了。
委员会对NERV的警告，主要是针对名牌叛乱的碇源渡和冬月耕造二人的，至于NERV本部的其他工作人员，他们也知道这些人仅仅是打工人罢了，没有必要赶尽杀绝——但仍需仔细鉴别，保不准里面就有碇源渡的细作。
所以MARK-6一直看守被封印的初号机，直到委员会下属的部队赶到现场，并使用大量封印呪诅柱将初号机里三圈外三圈地围了起来。
至于NERV的工作人员，则全都暂时被转移到了太平洋上的几艘军舰里，暂时软禁了起来，并进行逐个审问、辨别。
由于委员会手下审问人员的不做人，渐渐开始有相当大一部分NERV工作人员都在心里埋怨那些跟苍崎姐妹跑了的人——为什么不把我们也叫上一起跑路？
曾经身为碇源渡“半个心腹”的赤木律子受到了重点照顾，她甚至被委员会亲自关押审问，为了从她的嘴里挖出有关碇源渡逃往何处的关键信息。
可惜最后还是失败了，因为碇源渡根本就没信任过赤木律子，她完全是白白为碇源渡受了这么多苦，所以这个故事告诉我们，不论男女，舔狗最后都没有好下场。
众人之中反倒是身为多面间谍的加持良治第一个被放了出来，因为他交代了众多曾经在碇源渡手下工作时候的关键情报。
加持良治重新得到了委员会的启用，将继续作为一名情报人员活动，寻找碇源渡和冬月耕造的踪迹。
对他来说唯一的遗憾，就是又不能和葛城美里过安稳日子了。
第三次冲击被中断了，但这并不意味着这次“事故”没有造成任何伤害。
这次冲击，在官方的层面上，被命名为“近第三次冲击”，而之所以被称之为近，是因为触发冲击的“扳机”，也就是初号机连同它的驾驶员一起被委员会封印，导致真正的第三次冲击停止了。
本就因为第二次冲击而人口骤减的世界，再次因为近三冲而人口减半，众多人类因为过高的L力场浓度而失去AT力场，肉体化为LCL死去。
整场事故看似由SEELE在最后的最后控制住了全局，但由于事件实在是闹得太大，导致联合国残存的常任理事国们意识到了SEELE在其中扮演的角色，从而决定强行接管NERV在各国的分支机构。
首先被“收归国有”的就是上海支部，或者说上海支部在此前本来就和SEELE貌合神离，这次只不过是借着这个机会把既有事实正式公开化罢了。
除此之外，北美支部也脱离了委员会的管控，并且决定正式退出梵蒂冈条约，独自开发军用EVA系列。