使用定制版尼布甲尼撒之钥，成功对自身生命形态完成了“晋升”的橙子，回到了伯大尼基地，开始了她的进一步研究工作。
一般来说，像是她这样的存在形式，绝对会被NERV各支部的探测手段所侦测到，并会被赋予“类型：蓝色”，也就是发散只有使徒才会具有的信号类型。
但橙子作为灵魂物质化这一方面的绝对大师，她很轻易地就为自己制造了一层“外壳”，只要她不在基地里使用类似使徒和ADAMS的那些特殊能力，她根本就不会被任何人发现。
对于“反L系统”的研究已经彻底完成，橙子借用自己在伯大尼基地里的权限，搞了不少“公款私用”的活，制造了许多反L力场装置，也就是“使徒封印用呪诅柱”，再通过青子那边定制的传送法阵偷偷运回蓝宝石花之乡，存放在一处青子最近在森林中建造的研究设施地下，以备日后使用。
而基地主管虽然对近期突然增多的某些开支而感到疑惑，但由于伯大尼支部接二连三的重大科研成果突破而从委员会那边拿到了不少资源，所以他现在对这些“小钱”并不怎么在意，只是当基地里某些员工的“火耗”罢了，都是正常支出！
人到中年的大胡子主管，如今终于有了一丝意气风发的模样，真是令人感叹。
虽然伯大尼基地进入了发展的快车道，隐隐有对NERV本部取而代之的势头，但恰恰就是因为这种发展的速度，让不少“同僚”们开始担惊受怕、彻夜难眠了。
一般人看到同事进步神速之后，会有两种反应，一种是奋起直追、加倍努力，而另外一种人就会开始耍小动作、使绊子了。
像是北美支部、上海支部的反应就是前者，他们通过和当地政府之间的联系，加大资金投入，分别加速了三号机和八号机的开发进度，恐怕在使徒正式到来之前可能就会完成建造，届时全世界明面上就会有至少六台EVA等着傻乎乎的使徒前来讨伐，而迎接他们的将是一场无情的群殴。
但某些事情怀旧坏在这个世界上有太多阴险小人，北美支部虽然在明面上加速了三号机的建造进度，但在背地里还同时提前开启了四号机的建造，完全无视了国家之间签署的梵蒂冈条约的限制。
而且北美支部这种行为还算是“保有底线”的，NERV本部司令选择了一条更加下作的方式，也就是继续向伯大尼基地派遣更多间谍。
由于加持良治之前的失败，碇源渡偃旗息鼓了一段时间，这并不是说他放弃了对于伯大尼基地的企图，而是说他在这段时间之内，偷偷培养了一批“特种部队”。
通过加持良治传递出来的情报，专门制定了这次蓄谋已久的嵌入破坏行动的计划，还让赤木律子根据伯大尼基地贡献出来的研究成果，制造了一些“特殊装备”。
而且最为讽刺的是，身为碇源渡“功勋间谍”的加持良治，本身是不知道这次破坏行动的，他也不知道碇源渡的这支秘密部队的存在。
这样看来，恐怕碇源渡本身早就对加持良治没抱有任何信任之情了，毕竟谁会把所有的宝压在一个三姓家奴的身上呢？
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